Het immuunsysteem beschermt ons lichaam tegen infectie door micro-organismen, zoals bacteriën en virussen, en parasieten, zoals wormen. Het beschermt ons ook tegen bepaalde soorten kanker en repareert beschadigd weefsel. We worden geboren met bepaalde afweermechanismen, maar een groot deel van onze immuniteit verwerven we doordat we aan ziekteverwekkers worden blootgesteld.
Dit deel begint met een bespreking van verworven immuundeficiëntie, een van de belangrijkste aandoeningen van het immuunsysteem. Verworven immuundeficiëntie ontstaat na de geboorte. Het immuunsysteem kan de micro-organismen die het lichaam binnenkomen, dan niet meer afdoende bestrijden. Dit kan een aantal oorzaken hebben. De bekendste vorm van verworven immuundeficiëntie is aids, dat zich ontwikkelt na infectie met het humaan immuundeficiëntievirus (zie Hiv-infectie en aids). Verworven immuundeficiëntie kan ook ontstaan na een infectie met andere virussen, zoals mazelen. De aandoening kan zich ook na behandeling met bepaalde medicijnen voordoen.
Het tweede deel behandelt de auto-immuunziekten, waarbij het immuunsysteem het lichaamseigen weefsel begint aan te vallen, waardoor bepaalde organen ontstoken en beschadigd raken. Vervolgens worden de afzonderlijke auto-immuunziekten besproken die meer dan een orgaan aantasten. Zulke aandoeningen treffen vaak jongvolwassenen en ze kunnen tot een blijvend slechte gezondheid leiden. De oorzaak is nog niet volledig duidelijk, hoewel erfelijke factoren een belangrijke rol lijken te spelen bij het ontstaan van de aandoening. In het algemeen komen auto-immuunziekten meer voor bij vrouwen en verlopen ze bij hen ook ernstiger.
Auto-immuunziekten die bepaalde organen aantasten, worden in de betreffende delen van dit boek besproken. Reumatoïde artritis bijvoorbeeld, een ziekte die vooral de gewrichten aantast, wordt besproken bij de spier-en botaandoeningen, en de ziekte van Hashimoto (zie Thyreoïditis), die een verminderde productie van de schildklierhormonen veroorzaakt, wordt besproken bij de stofwisselingsziekten. Aangeboren immuundeficiëntie wordt besproken bij de kinderziekten (zie Aangeboren immuundeficiëntie).
