Het slijmvlies van de maag en de twaalfvingerige darm staan bloot aan veel mogelijk schadelijke stoffen, waaronder het zuur dat de maag zelf produceert om de vertering mogelijk te maken, alcohol, en irriterende stoffen, zoals kruiden. De maag en twaalfvingerige darm kunnen zich van nature goed beschermen tegen dergelijke schade, maar soms faalt die bescherming.
Hieronder wordt eerst de infectie met de bacterie Helicobacter pylori besproken, die pas sinds het begin van de jaren tachtig van de vorige eeuw bekend is. Geschat wordt dat ongeveer de helft van de wereldbevolking de bacterie bij zich draagt. In de meeste gevallen treden er geen symptomen op, maar aan de andere kant is er een duidelijk verband tussen H. pylori-infectie en bepaalde aandoeningen van maag en twaalfvingerige darm: gastritis, een ontsteking van het maagslijmvlies; ulcus pepticum, een zweer in de wand van maag of twaalfvingerige darm; en maagkanker. Gastritis is een veelvuldig voorkomende aandoening; zweren van de maag en de twaalfvingerige darm komen minder vaak voor. Als deze aandoeningen in verband staan met een infectie met H. pylori, kunnen ze met antibiotica worden bestreden. Het laatste deel van dit hoofdstuk gaat over maagkanker, die tegenwoordig in veel ontwikkelde landen minder vaak voorkomt. Algemene problemen die met het bovenste deel van het spijsverteringskanaal samenhangen, worden elders behandeld (zie Indigestie; Dyspepsie; Brandend maagzuur/zure-refluxziekte).

- Twaalfvingerige darm
- Slokdarm
- Maag
Zie Spijsverteringsstelsel voor meer informatie over bouw en functie van de maag en de twaalfvingerige darm.